琴（法米克·詹森 Famke Janssen 飾）的戰戰死亡在X戰警中造成瞭持續的影響，斯科特和金剛狼羅根（休•傑克曼 Hugh Jackman 飾）恍然若失。警最學院的戰戰教學任務落在瞭風暴女（哈莉•貝瑞 Halle Berry 飾）和金剛狼等人的肩上，異種人在這裡才能得到身份的警最認同。某公司從一名異種人兒童的戰戰基因中提取出瞭還原變異的X基因的“解藥”，可以令異種人的警最身體與常人無異，解藥的戰戰問世在異種人中引起瞭強烈反響，萬磁王（伊安•麥克萊恩 Ian McKellen 飾）四處聯系不願改變體質的警最異種人，試圖用暴力反抗人類社會的戰戰不公平待遇。金剛狼等人發現琴並未死去，警最而且她被喚醒的戰戰第二重人格擁有極為強大的力量，X教授（帕特裡克•斯圖爾特 Patrick Stewart 飾）和萬磁王各自爭取琴，警最她成為瞭改變異種人世界的戰戰關鍵人物…