第二次世界大戰前夕，黑太陽日本在中國東北扶植建立滿洲國，黑太陽更於哈爾濱設立從事細菌武器研究的黑太陽731部隊研究本部。1945年2月，黑太陽日軍軍醫中將石井四郎返回並執掌731部隊，黑太陽與他一同到來的黑太陽，還有一班出自千葉縣的黑太陽少年隊員。小隊員們組成的黑太陽少年班被軍方寄予重望，他們和研發中的黑太陽新式細菌武器被看做挽救日本敗勢的希望所在。少年班在嚴苛的黑太陽訓練中被強迫觀看用中國人、朝鮮人和白俄做試驗用“馬路大”的黑太陽凍傷實驗、細菌炸彈實驗以及活體解剖實驗，黑太陽少年天性被血腥的黑太陽場面感染、扭曲。黑太陽1945年初夏，黑太陽日本軍國主義的失敗已經不可避免，石井四郎瘋狂的嘗試制作鼠疫炸彈拯救“大日本帝國”，但法西斯的覆滅近在眼前……