故事發生在日本的銀魂譯紅櫻篇江戶時代，一名神秘的劇場男子出現在瞭武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，版新要求試刀，銀魂譯紅櫻篇這個夜晚之後，劇場桂便下落不明。版新桂的銀魂譯紅櫻篇寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他們尋找主人的劇場下落。同時，版新銀時（杉田智和）也受到委托，銀魂譯紅櫻篇尋找四處作惡的劇場紅櫻的下落。三人的版新線索匯聚到瞭一艘空中飛艇上，由於遠離警察的銀魂譯紅櫻篇管轄范圍，飛艇裡的劇場惡勢力一手遮天。在那裡，版新銀時遇見瞭曾經的戰友現在的對手高杉晉助（子安武人 配音），高杉正帶領著自己的鬼兵隊企圖毀滅江戶。一面是窮兇極惡的恐怖分子，一邊是暴虐嗜血的妖刀紅櫻，身受重傷的銀時能夠平安脫險拯救江戶嗎？　　此次劇場版重制瞭《銀魂》動畫中的《紅櫻篇》，其中，在原作中未出場的真選組也將在故事中大顯身手。