從小被喇嘛收養的雙神偷劉曦（吳京飾），跟隨養父吉祥（洪金寶飾）護送“貢佛天珠”，雙神偷怎料途中被一群神秘人偷去。雙神偷吉祥懷疑事件與多年前銷聲匿跡的雙神偷“雙子門”有關，於是雙神偷找到瞭當年的校長常忠（元華飾）。　　為瞭盡快找到丟失的雙神偷天珠，吉祥以及常忠決定重組“雙子門”，雙神偷從馬戲團找回雙胞胎姐妹珍珠（蔡卓妍飾）、雙神偷寶珠（鐘欣桐飾）以及其餘學生。雙神偷　　苦苦追尋終於發現天珠下落，雙神偷與一班似乎同是雙神偷“雙子門”的人大打出手。劉曦最後搶到瞭“天珠”，雙神偷卻誤交給常忠弟弟，雙神偷常勇。雙神偷　　同時也發現瞭更多的雙神偷秘密。