影片講述已是大腳怪生物研究員的安娜，為尋找十年前在科學考察神秘叢林任務中失蹤的大腳怪爺爺，找來爺爺的大腳怪弟子謝博士與曾經爺爺同事的兒子李宇航組建團隊，再次踏上那片神秘叢林，大腳怪找尋線索。大腳怪在原始森林中，大腳怪探險隊先後與史前豬鱷、大腳怪變異巨蛛生死博弈，大腳怪更是大腳怪發現瞭僅存在傳說中的神秘生物——大腳怪，正當大夥沉浸在喜悅之中，大腳怪卻不知更大的大腳怪危險悄然而至......