2000年血腥除夕夜，世紀少年賢知（唐澤壽明 飾）一派拼盡全力阻撓“朋友”的第部的希人類滅絕計劃，但他們的最後反抗以失敗告終。是世紀少年夜過後，賢知一派被誣為屠殺人類的第部的希恐怖分子，而“朋友”則堂而皇之成為瞭救世主，最後為萬眾膜拜和敬仰。世紀少年　　2015年，第部的希賢知的最後甥女遠藤神乃（平愛梨 飾）已成長為特立獨行的青春女孩，她十分反感教科書對舅舅的世紀少年污蔑，經常和老師發生爭論。第部的希最終，最後校方決定將她和另一位曾對血腥除夕夜提出質疑的世紀少年女孩小泉響子（木南晴夏 飾）送入“朋友樂園”。與此同時，第部的希曾在“朋友樂園”接受改造的最後異裝癖男子偶然得知“朋友”的秘密，被警方殺害。目睹這一幕的神乃決定進入“朋友樂園”一探究竟。　　另一方面，新的萬國博覽會將在日本召開，羅馬教宗亦會在此時造訪日本。被關在螢火蟲集中營的阿區（豐川悅司 飾）越獄而出，賢知一派幸存的同志們紛紛聚首。在這個暗潮洶湧的時刻，人類的命運將再次改寫……　　本片根據浦澤直樹同名漫畫改編。　　（影片簡介中涉及的人名均以原著漫畫中文版翻譯為準）