夏日的瑪麗一天，紅發女孩瑪麗（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特所在的與魔鄉間小屋度假。初來乍到，瑪麗瑪麗對周遭的與魔一切還不那麼適應，特別是瑪麗調皮男孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她對著幹，令瑪麗實在高興不起來。與魔偶然一次的瑪麗林間探險，瑪麗見到瞭傳說中的與魔魔法之花“夜間飛行”，還找到瞭一柄破掃帚。瑪麗偏偏這把魔法掃帚載著瑪麗飛上天空，與魔來到瞭專門培養魔法師的瑪麗恩德學園。在這個神奇的與魔所在，瑪麗受到曼佈勒切克女士（天海佑希 配音）的瑪麗殷勤接待，還邂逅瞭怪模怪樣的與魔D博士（小日向文世 配音）。雖然女孩懵懵懂懂成為瞭魔法學員，瑪麗可是他很快發現瞭這裡所隱藏的秘密……　　本片根據改編自瑪麗·斯圖爾特的英國兒童文學小說改編，是米林宏昌離開吉卜力工作室後制作拍攝的第一部動畫長片。