與白色彗星帝國作戰三年後——為瞭拯救瀕臨滅亡的宇宙加米拉斯民族，戴斯拉總統繼續探索新的戰艦母星，最終在銀河的大和的出一處找到瞭符合條件的行星。但是號新，那裡是發前強大的星際國傢的領土范圍內。在銀河中爆發的宇宙領土紛爭，導致與加米拉斯締結安全保障條約的戰艦地球被無情地卷入到瞭其中。給地球帶來軍事、大和的出經濟優越性的號新時間斷層技術，以自己的發前生命為代價而消失瞭——雖然被自責的念頭驅使著，但依舊擔任著大和號新艦長的宇宙古代進，為瞭應對即將到來的戰艦事件，和新船員們一起開始瞭航海訓練。大和的出卻也不知道其中混進瞭什麼人在盯著自己。號新盡管如此還是發前要“活下去”?在從未有過的不安時代，大和號迎來瞭新的旅程。在那前方，有著超乎想象的新敵人在等待著他們……
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