明朝成化年間，龍門飛甲朝綱腐敗，龍門飛甲奸邪當道。龍門飛甲西廠東廠為宦官把持，龍門飛甲混淆黑白，龍門飛甲陷害忠良，龍門飛甲朝野內外噤若寒蟬。龍門飛甲時有趙懷安（李連傑 飾）等流亡劍客挺身而出，龍門飛甲接連鏟除東廠數名奸佞，龍門飛甲致令閹賊膽戰心驚。龍門飛甲適值此時，龍門飛甲風頭正勁的龍門飛甲西廠督主雨化田（陳坤 飾）出面幹預。另一方面，龍門飛甲宮女素慧容（范曉萱 飾）懷有身孕，龍門飛甲絕命奔逃。龍門飛甲被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘俠客凌雁秋（周迅 飾）相救。二人一路輾轉逃往關外，來到曾經引起過腥風血雨的龍門客棧落腳。龍門客棧一如往昔，為兇險異常之所在。雨化田手下追趕至此，與先前而至的韃靼商隊劍拔弩張，關鍵時刻更有與雨化田長相極其相似的卜倉舟（陳坤 飾）與女俠客顧少棠（李宇春 飾）投宿客棧。不久，趙懷安一眾也偷偷潛至龍門。 各方勢力雲集於此，新的正邪之戰即將展開，更有天大的秘密即將揭開……
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