故事發生在夏亞引領吉翁公國軍贏得一年戰爭的機動平行宇宙。這一歷史轉折點導致地球聯邦與吉翁公國的戰士之戰勢力格局劇變。在空中宇宙殖民衛星生活的高達女高中生天手讓葉，與難民少女尼婭安相遇後被卷入非法MS決鬥競技“軍團戰”，跨時她駕駛著神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉誇克斯）”投身其中，機動而被通緝的戰士之戰神秘MS“高達”駕駛員修司伊藤也出現在她們面前。自此，高達少女與少年的跨時相遇，夢想就此交織，機動宇宙世紀開啟瞭新的戰士之戰未來......