某日，火影一群使用風遁之術的疾風羈絆空忍空襲火之國，無數民眾和忍者遇害，傳劇場版形勢危急。火影據綱手大人所言，疾風羈絆這群不速之客正是傳劇場版在第二次忍者大戰中落敗的空之團，如今他們懷著復仇之心再次出現。火影卡卡西（井上和彥 配音）等人則負責偵查空之團的疾風羈絆老巢，鳴人（竹內順子 配音）、傳劇場版小櫻（中村千繪 配音）、火影雛田（水樹奈々 配音）受命組成三人醫療小隊，疾風羈絆協助名醫神農（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的傳劇場版傢鄉醫治傷者。另一方面，火影病入膏肓的疾風羈絆大蛇丸得知神農的再生之術業已完成，他命佐助（杉山紀彰 配音）前去尋找神農。傳劇場版這也促成佐助和昔日夥伴宿命的重逢……　　本片為《火影忍者》第五部劇場版動畫。