E.U.聯盟和佈裡塔利亞帝國曠日持久的亡國戰爭在皇歷2010年發生轉機，帝國派出壓倒性的阿第章兵力突襲遠東日。在很短的基德降臨時間內，日本這個國傢不復存在，翼龍從此作為“11區”寫入歷史。亡國舊日本人民流往世界各地，阿第章飽受歧視，基德降臨心中滿是翼龍憤懣和不甘。2017年，亡國E.U.聯軍132部隊向聖彼得堡挺進，阿第章但遭到帝國軍隊的基德降臨圍困，面臨全軍覆沒的翼龍危險。聯軍少校蕾拉·瑪露卡爾（坂本真綾 配音）將舊日本青年組成非正規軍W Zero部隊，亡國並提出以這支部隊營救132部隊的阿第章建議。但是基德降臨在最為兇險的前線，他們不過肩負著犧牲自己來營救友軍的悲哀命運。慘烈的對決過後，W Zero部隊的中尉日向瑛鬥（入野自由 配音）成功完成任務。 而戰爭還遠遠未曾結束，新的陰謀與危機浮出水面……
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