生於大海，高中守護大海，艦隊劇場去往大海—— 那就是高中藍色人魚！ 憧憬著守護海洋安全的艦隊劇場職業“藍色人魚”進入橫須賀女子海洋學校的岬明乃，被任命為航洋艦“晴風”的高中艦長，和同班的艦隊劇場成員一同參加海洋實習。 本應是高中驅動艦船前往目的地的安全航海，但等待著她們的艦隊劇場卻是接連不斷的危機。來自教員艦突然的高中發炮、與失控的艦隊劇場其他學生艦的戰鬥、救難船的高中救護活動等等，她們歷經千辛萬苦地跨越瞭這種種困難，艦隊劇場終於平安返回陸地，高中成員之間也由此結下瞭牢固的艦隊劇場牽絆。 騷動後過瞭1個月，高中正在享受考試假期的晴風成員遭遇瞭新的危機——晴風班將面臨解體。晴風成員在大為動搖的同時，再度團結一致，最終阻止瞭班級的解體，更進一步加深瞭牽絆。 之後，晴風解體危機之後3個月—— 在橫須賀舉辦瞭包括吳、舞鶴、佐世保在內的全體女子海洋學校學生齊聚一堂、開展文化祭與體育祭的“競鬥遊戲會”，明乃等晴風班成員也為瞭準備歡迎祭而忙成一團。 大和、信濃、紀伊等超大型艦的班級也都前來集會，就在各種各樣的演出與競技正火熱的時候，新的“危機”正向她們逼近……！
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